Delle strutture realizzate nel 1347 dal Beato Angelo Sinisio non rimane molto, sono ancora visibili alcune vestigia lungo il muro ovest esterno della chiesa e sotto il chiostro di San Benedetto nella zona più a nord del monastero. Oggi il monastero di San Martino è strutturato come un quadrilatero diviso in quattro settori da due corridoi, tale struttura è frutto di una serie di rimaneggiamenti talvolta molto invasivi sulle strutture preesistenti realizzati nel XVI sec. E poi nel XVIII secolo.

Interessanti sono gli interventi realizzati da Giulio Lasso nel 1612 che inserisce il chiostro di San Benedetto a ridosso della parte più antica del monastero raccogliendovi intorno i locali di vita comune e quello di Venezio Marvuglia, purtroppo incompleto, che ampliò la struttura ri-orientandola verso Palermo appunto alla fine del XVIII sec.