L’Abbazia fu fondata, secondo una tradizione non documentata, da papa Gregorio nel VI secolo e poi distrutta dagli Arabi, molto più probabilmente essa risale al periodo normanno.
Di certo, fu rifondata nel 1347 da sei monaci provenienti dalla comunità di San Nicola di Nicolosi, guidati da don Angelo   Sinisio, per desiderio dell’arcivescovo Emanuele Spinola.
Nel XVI secolo, la comunità cominciò ad espandersi dando origine ad un epoca di sviluppo anche architettonico; vennero riedificate la chiesa ed il primo nucleo del convento.
Vennero inoltre realizzate opere monumentali come il coro monastico, opera di artigiani Napoletani sul modello di quello di San Severino e Sossio.
La crescita continuò nel XVII secolo con l’opera degli architetti Giulio Lasso, nel 1608, che completò la chiesa e progettò il chiostro di San Benedetto, e Marino Smiriglio nel 1613.
La fontana di San Benedetto nell’omonimo chiostro è opera di Giuseppe Pampillonia, importante artista palermitano, entrato a far parte della comunità.
Numerose sono le opere di Pietro Novelli: tra le quali nel refettorio l’affresco di San Daniele nella fossa dei leoni (1609); ed in Chiesa la pala di San Benedetto che consegna la sua regola ad ordini monastici e cavallereschi.
Lo sviluppo massimo dell’abbazia si ebbe alla fine del XVIII secolo, con l’opera di Venanzio Marvuglia ed il conseguente nuovo ampliamento dei locali con la realizzazione di una nuova ala a settentrione, con un dormitorio, uno scalone imperiale in marmo rosso, decorato in stile pompeiano, ed un monumentale prospetto in direzione di Palermo..
Pregiate erano inoltre  la ricca biblioteca, la quadreria, il museo di antichità, che attirarono illustri viaggiatori.
All’opera di Ignazio Marabutti si deve la famosa fontana Dell’Oreto, sotto il campanile, ed il gruppo marmoreo di San Martino, in fondo al nuovo vestibolo.
Nel 1866 e 1869 il seguito alle leggi di soppressione degli ordini religiosi la comunità fu dispersa, essa sopravvisse grazie a don Ercole Tedeschi, monaco di grande spessore spirituale e culturale.
I beni artistici vennero dispersi verso varie biblioteche e musei dell’isola.